در شماره و اسامی فرزندان امام اختلاف است.
سبط بن جوزی در تذکره الخواص(1)، آنان را پنج تن نوشته به نامهای محمد، حسن، جعفر، ابراهیم و عایشه. در کتاب قرب الاسناد از قول برنطی فرزندان امام را دو تن نوشته به نامهای محمد و موسی(2)، یا محمد و جعفر(3). محدث قمی غیر ار امام جواد(ع) از دختری به نام فاطمه نام برده است(4).اما شسخ مفید بر این است که امام (ع) را فرزندی جز امام جواد(ع) نبوده است. علامه مجلسی و ابن شهر آشوب و طبرسی نیز بر همین اعتقاد می باشند.(5)
محمد بن عیسی گوید: خدمت ابی جعفر امام جواد(ع) رسیدم و درباره ی موضوعاتی با من مناظره کرد. سپس فرمود: یا اباعلی! شک و تردید از میان برفت. پدرم جز من فرزندی ندارد(6) (یعنی اگر پدر من هم مانند امامان سابق پسرانی متعدد داشت ممکن بود نسبت به تعیین امام از میان آنها شکی پدید اید).
امام رضا(ع) به حنان بن سویز فرمود: برای من جز یک فرزند نخواهد بود، لیکن خداوند از او ذریه ی فراوانی به وجود خواهد آورد.(7)
آن چه محقق است این است که امام رضا(ع) جز امام جواد(ع) فرزندی نداشته و آن چه غیر از این گفته شده به ثبوت نرسیده است.(8)

(1) تذکره الخواص،ص 340.
(2) تاریخ الائمه ، ص21.
(3) مجمل التواریخ و القصص ، ص457.
(4) منتهی الآمال ، ج 2 ، ص352.

(5) ارشاد،ج2،ص614 .مرآت العقول،ج6،ص73.مناقب آل ابی طالب،ج2،ص367.اعلام الوری،ص329.دلائل الامامه،ص184.

(6) اصول کافی،ج2،ص104

(7) اثباه الهداه،ج6،ص154.بحارالانوار،ج49،ص221.

(8) ارشاد،ج2،ص575.

(9) امام علی بن موسی رضا(ع)، مرضیه محمد زاده،ص84.